พล.อ.อนุพงษ์ เผ่าจินดา ชื่อเล่น ป็อก หนึ่งในทหารผู้ก่อการรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 โดยขณะนั้น พล.อ.อนุพงษ์ อยู่ในยศ พล.ท. และเป็นแม่ทัพกองทัพภาคที่ 1 ถูกมองว่าแม้จะเป็นนักเรียนเตรียมทหารรุ่นที่ 10 (ตท.10) เหมือน พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร และพรรคพวก แต่กลับไม่เข้าร่วมหรือเห็นดีเห็นชอบด้วยกับการกระทำของกลุ่ม จึงถูกมองว่าเป็นฝ่ายต่อต้าน พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ด้วย
ในคืนเกิดเหตุรัฐประหาร พล.ท.อนุพงษ์ เป็นผู้ดำเนินการ เพราะกองทัพภาคที่ 1 มีขอบเขตหน้าที่ดูแลกรุงเทพมหานครและจังหวัดอื่น ๆ ในภาคกลางอยู่แล้ว โดยใช้แผน " ปฐพี 149 " โดยวางกำลังเป็นจุด วางเป้าหมาย รวมถึงจัดกำลังจากหน่วยทหารต่าง ๆ ให้เป็นไปตามเป้าหมาย และมีกองกำลังจากกองทัพภาคที่ 3 ของ พล.ท.สพรั่ง กัลยาณมิตร เป็นฝ่ายประสาน โดยการดำเนินการครั้งนี้กระทำด้วยความรอบคอบ ระมัดระวังอย่างที่สุด เพราะเป็นการเดิมพันด้วยชีวิต หากการไม่สำเร็จก็จะกลายเป็นกบฏในทันที
หลังจากเหตุการณ์ พล.ท.อนุพงษ์ เผ่าจินดา ได้เลื่อนยศเป็น พล.อ. ขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารบก หรือที่เรียกว่า 5 เสือ ทบ. และดำรงตำแหน่งผู้ช่วยเลขาธิการคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ คู่กับ พล.อ.สพรั่ง กัลยาณมิตร และเป็นหัวหน้าศูนย์ปฏิบัติการพิเศษ คมช.
พล.อ.อนุพงษ์ เป็นนายทหารที่อยู่ในสายงานคุมกำลังรบมาตั้งแต่เริ่มรับราชการใหม่ เคยเป็นผู้บัญชาการกรมทหารราบที่ 21 รักษาพระองค์ ทหารเสือราชินี (ผบ.ร.21 รอ.) เป็นผู้บัญชาการกองพลที่ 1 รักษาพระองค์ (ผบ.พล.1 รอ.) ก่อนจะได้เลื่อนเป็นรองแม่ทัพภาคที่ 1 และแม่ทัพภาคที่ 1
พล.อ.อนุพงษ์ จบปริญญาโทจากสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ และวิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร รุ่นที่ 26